El colegio particular “San Francisco de Asís”, fue fundado con el nombre de Colegio San Buenaventura, por Real Cédula del 8 de diciembre de 1691, siendo su fundador y primer Rector Fray Francisco de Ayeta  O.F.M., con la colaboración del Obispo del Cusco, Monseñor Pedro de Ortega.

En 1818 fue clausurado por el Virrey La Serna, debido a que siendo época de efervescencia patriótica y nacionalista, las aulas franciscanas se convirtieron en bastión de las ideas libertarias, gestoras de la independencia nacional.

En 1827, parte del local fue cedido en uso al Colegio Nacional de Educandas, y en 1842 en vista que se desplomaba el local donde fuera fundado el Colegio Nacional de Ciencias (San Bernardo), los franciscanos cedieron en uso el local que hasta hoy ocupa el Colegio Nacional de Ciencias.

En los inicios del siglo pasado la institución continuó funcionando en forma interna tanto en la atención de los niños como adultos de la ciudad y venidos de las afueras. Así, de 1900 a 1917 se reapertura el funcionamiento de la institución en los viejos claustros del antiguo postulantado de los religiosos franciscanos.

El 31 de enero de 1919 el P. Antonio Villanueva, Ministro Provincial de entonces de la Orden Franciscana del Perú, a solicitud de Fray Manuel María Paredes, concede licencia para que éste ocupe oficialmente los claustros del escolasticado, que era el lugar donde había funcionado el Seminario de Filosofía y Teología. Esto posibilitó el funcionamiento de su semilla germinal: el Jardín de la Infancia Franciscana sobre cuya base, en los últimos 80 años, se ha edificado una institución sólida y ejemplificadora. En ese entonces también los Padres Franciscanos, unifican el nombre de las diferentes instituciones educativas que tienen en nuestro país abandonando el primigenio nombre de San Buenaventura y se denominaría para siempre “San Francisco de Asís” del Cusco.

Por los años de 1923, empieza otra etapa de su funcionamiento, con el P. Manuel Paredes, teniendo como colaborador a Fray Francisco Salas Baca, comenzaron a trabajar denodadamente para que pueda resurgir hacia la aventura de lo que es hoy.

Cuando se produce el histórico terremoto del año 1950. El Convento y Colegio cedieron desinteresadamente una parte de su terreno a la Junta de Reconstrucción del Cusco para ser usado provisoriamente. El área cedida se ubicaba entre las esquinas de las calles Desamparados y Nueva Baja. Actualmente, dichos terrenos son ocupados por el local moderno del colegio.

La Biblioteca del Colegio se formó gracias al apoyo del Gral. Manuel A. Odría, Presidente del Perú, fue entonces, quien envió a su Ministro de Educación Gral. Mendoza para que done la colección Espasa   Calpe. Eran los años 1952 1953.

Por el año 1960 hay un periodo de un año que el Colegio atiende sólo el Nivel Primario. En el año 1991 celebró 300 años de fundación, teniendo en su haber muchos lauros, honores, y reconocimientos de instituciones y autoridades locales como nacionales, recibiendo por ello, entre otros reconocimientos, la condecoración de la Orden en el Grado de “Gran Oficial” conferido por el presidente del Consejo de la Medalla al Mérito “Juan Antonio Távara Andrade” de la Cámara de Diputados; el título de “Patrimonio de la Educación Peruana”, según Resolución Directoral Nº 0606, del 22 de mayo de 1992, otorgado por el Ministerio de Educación; la “Medalla Región Inca”, otorgada por el Gobierno Regional Inca; el “Premio Regional de Cultura” otorgado por el Instituto Nacional de Cultura del Cusco, la “Medalla de la ciudad del Qosqo”, alta condecoración concedida por la Honorable Municipalidad Provincial del Cusco, en representación de su pueblo, y cuantas otras expresiones de gratitud y reconocimiento entregados como un justo reconocimiento a su invalorable trabajo educativo social durante sus trescientos años que benefician a la comunidad local, nacional e internacional.

En el año 2000 el coliseo Paz y Bien y el pabellón destinado a las oficinas administrativas, fue inaugurado en el marco de las celebraciones del Gran Jubileo Franciscano. Toda esta obra se desarrolló gracias al denodado esfuerzo de Fray Emilio Carpio Ponce y su colaborador Fray Felipe de Jesús Castillo Zapata Q.D.D.G.

A lo largo de todos estos años de servicio a la colectividad cusqueña, el colegio ha logrado destacar en las diferentes actividades culturales, deportivas y sociales de nuestra localidad y del Perú, siendo reconocidos con el lema “UN FRANCISCANO, UN CABALLERO”, estando siempre presente en el corazón del pueblo del Cusco.